Если Mail.app у вас стал гораздо медленнее работать, то стоит сделать Vacuum на базу данных SQLite. Предварительно нужно выйти из Mail.app. Для наглядности можно вывести размер базы до операции и после (к сожалению, я этого не сделал).
$ ls -alh ~/Library/Mail/Envelope\ Index $ sqlite3 ~/Library/Mail/Envelope\ Index vacuum; $ sqlite3 ~/Library/Mail/Envelope\ Index vacuum index; $ sqlite3 ~/Library/Mail/Envelope\ Index vacuum subjects; $ sqlite3 ~/Library/Mail/Envelope\ Index vacuum recipients; $ sqlite3 ~/Library/Mail/Envelope\ Index vacuum messages; $ sqlite3 ~/Library/Mail/Envelope\ Index vacuum threads; $ ls -alh ~/Library/Mail/Envelope\ Index
Скорее всего достаточно просто команды “vacuum”, но я дополнительно прошёлся по всем таблицам с большим количеством записей и прихватил индексы.